El origen de la población se puede vincular a la política de repoblación de las tierras reconquistadas a principios del siglo XVI. El reparto de la tierra que proclama hacia 1.520 la familia ducal de Arcos, los Ponce de León , marca el origen de la colonización de Algodonales, que en 1566 pasa a ser aldea y obtiene una bula del papa para construir una iglesia consagrada a Santa Ana. Gracias a su resistencia contra las tropas napoleónicas se le da independencia del municipio de Zahara en 1817.